I prodotti naturalmente fermentati rappresentano un ecosistema unico per lo studio della biodiversità microbica in diverse matrici alimentari come latte, carne o vino.
In particolar modo i prodotti fermentati tipici, dove le lavorazioni sono per lo più ancora tradizionali e molto spesso vengono tramandate da generazione in generazione, hanno caratteristiche uniche da un punto di vista organolettico, ottenute attraverso un contributo microbico peculiare.
La maggior parte di questi prodotti sono il risultato di un complesso processo di trasformazione microbica che molto spesso è eseguito da microrganismi naturalmente presenti nelle materie prime. L’uomo rappresenta un super-organismo, in cui si possono definire delle nicchie ecologiche in cui le cellule umane sono in intimo contatto con microrganismi. Esempi di tali simbiosi sono il cavo orale e i tratti gastro-intestinale e vaginale. In questi ambienti i microrganismi svolgono delle funzioni fondamentali, quali la protezione da infezioni e la stimolazione immunitaria.
Non si deve infine dimenticare che la dieta ha un’influenza notevole sulla modulazione del microbioma umano, andando a favorire vie metaboliche di tipo microbico che possono avere un impatto notevole sulla salute. Queste evidenze hanno portato allo sviluppo di alimenti contenenti microrganismi benefici per la salute umana, definiti generalmente come probiotici, i quali negli ultimi anni sono isolati sempre di più da prodotti fermentati tradizionali.